Foi o primeiro clube a conquistar uma competição nacional, a Taça Brasil de 1959, contra o Santos, torneio criado para apontar o representante brasileiro na recém-criada Taça Libertadores da América. Portanto, o clube também foi o primeiro representante brasileiro a participar de uma edição da Libertadores, em 1960. Em 1988, o tricolor baiano conquistou seu segundo título brasileiro, desta vez derrotando o Internacional. Com tais títulos, o Bahia é o único clube fora do eixo Sul-Sudeste a deter dois títulos nacionais da principal divisão do futebol brasileiro. O clube ainda foi vice-campeão brasileiro duas vezes, em 1961 e 1963. Na sua participação na Libertadores de 1989 o Bahia alcançou as quartas de final, feito que nenhum outro clube do Norte-Nordeste alcançou até então. O clube também soma 2 Copas do Nordeste e 46 Campeonatos Baianos, sendo o segundo maior vencedor de torneios estaduais no Brasil, perdendo apenas para o ABC de Natal o qual soma 52 títulos. O Bahia por muito tempo conquistou a hegemonia do campeonato estadual, ao ponto de ter sido heptacampeão, de 1973 a 1979. Mas, apesar do currículo vitorioso, o Bahia amargou durante a década de 2000 um dos piores períodos de história. Além de conquistar somente um título estadual (em 2001), foi rebaixado para a Série B do Campeonato Brasileiro em 2003 e para Série C em 2005. O clube retornou para a segunda divisão nacional em 2008 e a principal divisão em 2011.

Foi cofundador do Clube dos 13 (em 1987), que reunia as treze agremiações mais importantes do futebol brasileiro e que representavam 95% dos torcedores brasileiros na época.