Foi a público no estado mexicano de Chiapas em 1 de janeiro de 1994, quando um grupo de indígenas encapuzados e armados atacaram e ocuparam várias cabeceras municipais no mesmo dia em que entrava em vigor o Tratado de Livre Comércio da América do Norte, durante o governo de Carlos Salinas de Gortari, desestabilizando o sistema político mexicano e questionando suas promessas de modernidade. Seu objetivo era derrubar o presidente eleito democraticamente e a implantação de um governo socialista no México, fazendo alusão ao estilo de Cuba, Vietnã ou Angola. Após o fracasso militar de sua revolução, decidiu empreender uma atividade política, mantendo as armas e um caráter de guerrilha de esquerda radical. Seu comando tem por nome Comité Clandestino Revolucionário Indígena - Comando Geral (CCRI-CG) do EZLN.

Atualmente sobrevive em algumas comunidades de Chiapas, frente à indiferença do governo mexicano e sustentando-se por meio do turismo, da população indígena local e com apoio financeiro estrangeiro.