A história segue quatro jovens cujos pais foram mortos durante uma invasão militar realizada pelo império de Palamecia, que deseja conquistar todo o mundo. Três dos quatro personagens principais se juntam à rebelião contra o império, embarcando em missões para ganhar novas magias e armas, destruir super-armas e resgatar os líderes da resistência. A versão para GameBoy Advance inclui uma história bônus após o jogo principal ser completado.
Final Fantasy II apresentou muitos elementos que se tornariam padrões na série
Final Fantasy, como
chocobos e o personagem recorrente de Cid. Ele também eliminou o tradicional sistema de nivelamento por
pontos de experiência visto do primeiro e nos posteriores jogos da franquia, colocando no lugar um sistema de progressão baseado em atividades em que as estatísticas dos personagens aumentam de acordo com como eles a utilizam. Apesar de ser uma sequência de
Final Fantasy, o jogo não traz de volta nenhum personagem ou lugares do anterior.
II recebeu pouca atenção no ocidente, porém suas recriações ganharam críticas positivas.