Através da íntima relação entre a narração ficcional e a histórica, o romance critica a exploração dos pobres pelos ricos, que origina a guerra entre os indivíduos, e a corrupção pertencente à natureza humana - com especial enfoque na corrupção religiosa. Revela igualmente o tema do solitário que luta contra a autoridade, recorrente nas obras de Saramago.

Ver e não ver são as chaves simbólicas do romance. Baltasar tem a alcunha de Sete-Sóis, porque apenas consegue ver à luz, enquanto que Blimunda é chamada de Sete-Luas, porque consegue ver no escuro, com o recurso ao seu dom - a ecovisão. Assim, esta dupla, cuja alcunha contém o Sete e a relação Sol-Lua, representa simbolicamente o uno.