Miniopterus brachytragos é uma espécie de morcego da família Miniopteridae. Endêmica de Madagascar. As populações desta espécie foram historicamente incluídas em Miniopterus manavi, mas estudos moleculares publicados em 2008 e 2009 indicaram que esta suposta espécie consistia em cinco espécies distintas, incluindo M. brachytragos. A espécie têm sido encontrada em florestas secas e úmidas em altitudes de 320 m ao nível do mar.