Após a reforma conduzida por Paulo Mendes da Rocha na década de 1990, tornou-se uma das mais dinâmicas instituições culturais do país, integrando-se ao circuito internacional de exposições, promovendo eventos culturais diversos e mantendo uma ativa produção bibliográfica. A Pinacoteca também administra o espaço denominado Estação Pinacoteca, instalado no antigo edifício do DOPS, no Bom Retiro, onde mantém exposições temporárias de arte contemporânea, a Biblioteca Walter Wey]e o Centro de Documentação e Memória da instituição.

A Pinacoteca de São Paulo abriga um dos maiores e mais representativos acervos de arte brasileira, com quase dez mil peças abrangendo majoritariamente a história da pintura brasileira dos séculos XIX e XX. Destacam-se também a Coleção Brasiliana, integrada por trabalhos de artistas estrangeiros atuantes no Brasil ou inspirados pela iconografia do país, a Coleção Nemirovsky, com um expressivo conjunto de obras-primas do modernismo brasileiro e mais recentemente, a Coleção Roger Wright, recebida em comodato no mês de janeiro de 2015.