A Secretaria de Portos da Presidência da República (SEP/PR) é um órgão governamental brasileiro vinculado à Presidência da República e é responsável pela formulação de políticas e diretrizes para o fomento do setor dos portos marítimos, além da execução de medidas, programas e projetos de apoio ao desenvolvimento da infraestrutura portuária. É também responsável pela administração das Companhias Docas. Compete ainda à SEP/PR a participação no planejamento estratégico e a aprovação dos planos de outorgas, tudo isso visando assegurar segurança e eficiência ao transporte aquaviário de cargas e de passageiros no país. Por outro lado, a gestão de portos fluviais e hidrovias é de responsabilidade do Ministério dos Transportes.