Pouco antes da demissão de Fujimori, em 19 de Novembro de 2000, ao descobrir-se uma imensa rede de corrupção liderada pelo então assessor presidencial Vladimiro Montesinos, Paniagua foi eleito Presidente do Congresso Peruano (parlamento). Com a crise de governabilidade motivada pela renúncia dos vice-presidentes, assumiu a presidência da república.

Durante a sua breve permanência no cargo assinou-se o contrato de investimento mais ambicioso na história do Peru: a exploração da reserva de gás natural de Camisea, situada na selva, no departamento de Cuzco.