A MCTtem por princípio básico a teoria da energia vital do corpo (chi ou qi) que circula pelo corpo através de canais, chamados de meridianos, os quais teriam ramificações que os conectariam aos órgãos. Os conceitos de “corpo” e “doença” utilizados pela Medicina Tradicional Chinesa se baseiam em noções de uma cultura pré-científica, similar à teoria europeia dos humores (humorismo), em voga até o advento das pesquisas médicas modernas dos anos 1800. Pesquisas científicas não encontraram nenhuma prova fisiológica ou histológica dos conceitos tradicionais chineses, como qi, meridianos ou mesmo pontos de acupunctura.

A teoria e a prática da Medicina Tradicional Chinesa não são baseadas em conhecimento científico, e seus praticantes discordam grandemente sobre os diagnósticos e os tratamentos dos pacientes. A eficácia da medicina fitoterápica chinesa continua pouco pesquisada e documentada. Há preocupações quanto ao número de plantas potencialmente tóxicas empregadas.