Страна разделена на 2 провинции: Сан-Томе и Принсипи.
Провинция Сан-Томе (столица — Сан-Томе) занимает территорию острова Сан-Томе и является наиболее населённой провинцией.
Провинция Принсипи (столица — Санту-Антониу) располагается на острове Принсипи. Её площадь составляет около 143 км². С 29 апреля1995 г. провинция является автономной.