Правление Мухаммеда II началось с войны с
гуридами, которые захватили крупный город
Мерв, почти без боя заняли Абиверд, Серахс и
Нису, взяли
Нишапур и пленили брата хорезмшаха, которого отправили в
Герат. Осадив
Герат, войска Мухаммеда в течение месяца пытались прорвать его оборону. Лишь после получения откупа хорезмшах снял осаду. К этому времени на помощь правителю
гуридов из
Индии подошли войска его брата — Шихаб ад-Дина. После достаточно кровопролитной битвы хорезмийцам пришлось отступить. Преследуя отступающие войска Мухаммеда II, Шихаб ад-Дин окружил хорезмийскую столицу Гургандж, обороной которой руководила мать шаха — царица Туркан-хатун. При поддержке каракитаев Мухаммеду удалось вытеснить
гуридов за пределы
Хорезма и заключить мир, однако они не оставляли попыток развязать войну. Только после убийства Шихаб ад-Дина в
1206 году эта опасность исчезла. Гуридское государство распалось на части, которые вскоре попали в зависимость от
Хорезма.