Ардон берёт начало в ледниках Главного Кавказского хребта, протекает по территории Северо-Осетинского заповедника. До выхода на предгорную Осетинскую равнину река течёт по глубокому Алагирскому ущелью. По ущелью проходит Военно-Осетинская дорога, связывающая через Рокский перевал Северную Осетию с Южной. Другая дорога через Мамисонский перевал идёт к грузинскому городу Они. В ущелье Ардона и его притоков расположено Садонское месторождение свинцово-цинковых руд и посёлки городского типа Бурон, Садон, Верхний Згид, Мизур и Холст.