Афонсу родился в Коимбре
23 апреля 1185 г. Вступил на престол в
1212 г. У Афонсу II был несколько иной, нежели у его отца или деда, подход к управлению государством.
Саншу I, его отца, и
Афонсу I, его деда, наиболее интересовали военные дела, как против соседней
Кастилии, так и против мавров на юге. Афонсу II не поддерживал эту политику расширения территории и сумел добиться мира с Кастилией в период своего правления. Несмотря на это, некоторые города, такие как Алкасер ду Сал в
1217 г. были отвоёваны у Мавров по инициативе знати. Первые годы его правления были отмечены внутренними разногласиями между Афонсу II и его братьями и сёстрами. Король сумел сохранить португальские границы только изгнав и объявив вне закона своих родственников.