Поскольку Афонсу был вторым сыном, он не воспитывался как наследник престола, и никто не ожидал его восхождения на трон, который был предназначен Саншу. Жил Афонсу в основном во Франции, где женился на богатой наследнице Матильде в 1238 г., и стал таким образом
графом Булонским.
В
1246 г. конфликт между церковью и его старшим братом стал невыносим, и папа римский
Иннокентий IV приказал сместить Саншу, заменив его графом Булонским. Афонсу, конечно, не мог противиться велению папы и направился в Португалию. Поскольку Саншу не был популярным монархом, выполнить приказ не составляло большого труда. Саншу был изгнан в
Кастилию, и Афонсу III стал королём в 1247 г. Для вступления на престол ему пришлось отречься от титула графа Булонского и развестись с Матильдой.