Второй дивизион разделён по географическому принципу на 5 зон: «Запад», «Центр», «Юг», «Урал-Поволжье» и «Восток». Количество клубов в зонах меняется каждый год. В
2008 году в дивизионе было заявлено 83 команды.
Победитель каждой зоны переводится в
первый дивизион. Клубы, занявшие последние места в зонах, теряют профессиональный статус и переводятся в
Любительскую футбольную лигу. Во всех зонах, кроме одной, соревнования проводятся в два круга. В зоне «Восток» в связи с её малочисленностью проводится трёхкруговой турнир. По окончании сезона победители зон участвуют в турнире на
Кубок ПФЛ, в ходе которого определяется абсолютный чемпион Второго дивизиона.