Медицинское образование получил в Лейпцигском университете, практиковать начал в Вене. Начало его врачебной карьеры было не совсем удачно, и Ганеман вскоре должен был поступить на частную службу (врачом, библиотекарем и пр.) Через несколько лет Ганеман поселился в Эрлангене, где в
1779 году получил степень доктора
медицины; в это же время Ганеман начал высказывать свои разочарования современной медициной и раскрывать недостатки господствовавших теорий и практических приемов лечения, зачастую действительно не имевших тогда разумного объяснения.