Сильнейшее воздействие на Геккеля оказали
дарвиновские идеи. В
1863 он выступил с публичной речью о
дарвинизме на заседании Немецкого научного общества, а в 1866 вышла его книга «Общая морфология организмов» («Generelle Morphologie der Organismen»). Спустя два года появилась «Естественная история миротворения» («Natürliche Schöpfungsgeschichte»; перевод
1914), где развиваемый им
эволюционный подход излагался в более популярной форме, а в
1874 Геккель опубликовал работу «Антропогения», или «История развития человека» («Anthropogenie», или «Entwickelungsgeschichte des Menschen»; русский перевод 1919 года), в которой обсуждались проблемы эволюции человека. Ему принадлежит мысль о существовании в историческом прошлом формы, промежуточной между
обезьяной и
человеком, что было позже подтверждено находкой на
о. Ява останков
питекантропа.