С
1543 года после вызванного ими падения
Шуйских, вместе с братом играл главную роль в управлении государством и навлек на себя ненависть народа и бояр.
В
1547 году за своё корыстолюбие едва не сделался жертвой
бунта в Москве, после чего был лишён
Иваном Грозным сана
конюшего. Устрашенный гибелью своего брата от рук бунтующих, Михаил, вместе с другом своим, князем Турунтаем-Пронским, в
1548 году бежал в
Литву. Настигнутые по дороге князем
П. И. Шуйским и возвращенные в Москву, они утверждали, что шли на богомолье в Оковец. Их уличили во лжи, но, извиняя их бегство страхом, простили.