XIV веке территория Афганистана входит в состав узбекской империи Тимуридов. В Герате располагается второй центр этого государства. Последний Тимурид и основатель империи Великих МоголовБабур, разбитый золотоордынскими Шейбанидами, основывает в XVI веке новую империю с центром в Кабуле, откуда он совершает победоносные походы в Индию. Вскоре Бабур переселяется в Индию, а территория Афганистана входит в состав шиитскогоИрана Сефевидов.