В первой половине 1920-х монастырь был центром так наз. Даниловского Синода — неофициальной консервативной оппозиции Патриарху Тихону, возглавлявшейся епископом Волоколамским Феодором (Поздеевским).
Возрождён в 1980-е как духовно-административный центр РПЦ; получил статус ставропигиального.