Опекунство над ним и регентство силой захватил
Михаил Палеолог, в
1260 провозгласивший себя императором-соправителем. После возвращения
Константинополя у
латинов, Михаил ослепил 9-летнего Иоанна и заточил его в крепость Дакибиз. О времени смерти Иоанна нет точных данных: он был жив ещё в
1290, когда его посетил сын Михаила,
Андроник, с целью добиться признания наследственных прав своих на имперский престол.