Кель перешёл в клуб Боруссия по ходу сезона 2001—2002 из клуба «Фрайбург», отклонив предложение
мюнхенской «
Баварии». После операции на колене летом
2006 года Себастьян пропустил первую половину сезона
2006—2007, выйдя на поля лишь
4 февраля, после чего ему пришлось ещё несколько недель залечивать неокрепший сустав.