Клапрот был в
Германии авторитетным противником теории
флогистона, , особенно известен своим анализом минералов, тщательность которого и позволяла выявлять новые элементы (хотя получить хотя бы один из них в чистом виде Клапроту не удалось). Основные работы Клапрота, в общей сложности около 200, собраны им самим в шеститомном собрании «Beiträge zur chemischen Kenntnis der Mineralkörper» (Берлин,
1793—
1815). Кроме того, Клапрот составил «Химический словарь» (;
1807—
1810).