Отец — урядник, сиделец в винной лавке. Учился в городских училищах
Вытегры и
Петрозаводска. Среди предков Клюева были
староверы-раскольники, хотя его родители и он сам (вопреки многим его рассказам) не исповедовали старообрядчества; многочисленные автобиографические мифы — часть его литературного образа. Рассказывал, что в молодости много путешествовал по России, послушничал в монастырях (другими источниками эти данные не подтверждаются). Некоторые современники считали его
хлыстом. Был причастен к революционным событиям 1905—1907 годов, неоднократно арестовывался (за агитацию крестьян, за отказ от армейской присяги по убеждениям).