Ковжа вытекает из озера
Ковжское в северо-западной части Вологодской области. Течёт в естественном русле лишь первые 10 километров, на этом участке река быстро течёт, образуя перекаты и порожки. В районе деревни Александровское Ковжа соединяется с
Волго-Балтийским каналом, участок Волго-Балтийского водного пути между Александровским и озером Белым проходит по зарегулированному и искусственно углублённому руслу Ковжи.