Национальная замкнутость, обусловленная ненавистью к Византии, создавала благоприятную почву не только политическому, но и религиозному протесту и инакомыслию, а впоследствии облегчила завоевание египетских христиан
арабами. Принудительная исламизация привела к значительному упадку. Вследствие этого Коптский Патриарх Кирилл IV († 1860 г.) начал переговоры с преосвященным Порфирием (Успенским) о воссоединении с Православием, но был отравлен, а его противники вошли в унию с Римом (
1898 г.). В настоящее время фактически соединилась с
Александрийской Православной Церковью Патриарха Парфения . Находится в евхаристическом общении с
Армянской и
Сирийской Церквами. Состоит из 400 общин. Богослужение на
арабском и
коптском языках. Осмогласие. Литургии
Василия Великого,
Григория Богослова и
Кирилла Александрийского. Сохранила некоторые
иудейские (раннехристианские) обряды, такие как
обрезание. Возглавляет Её Александрийский Папа и Патриарх Святейший Шенуда III.