Озеро лежит на высоте 109 м над уровнем моря в заболоченной низменности, выработанной талыми водами при разрушении древнего
ледника. Дно Кубенского озера большей частью песчаное. Средняя глубина Кубенского озера 1,2 м, наибольшая — 10-13 м. Питание смешаное, с преобладанием снегового. Замерзает озеро в октябре — ноябре, вскрывается в конце апреля — мае.