Автором гипотезы о ностратических языках стал в
1903 датский лингвист Х. Педерсен. В начале 1960-х ностратическую теорию существенно развил московский славист
В. М. Иллич-Свитыч, в дальнейшем ею активно занимались российские ученые А. Б. Долгопольский,
В. А. Дыбо и
С. А. Старостин.
В. М. Иллич-Свитыч и А. Б. Долгопольский относили к ностратическим также
афразийскую макросемью, однако, как показали работы С. А. Старостина и
А. Ю. Милитарева, афразийские языки представляют собой отдельную семью, того же возраста, что и ностратическая.