В сезоне 2007 года в первом дивизионе играли 22 команды:
Клубы «Волгарь-Газпром» Астрахань, «Динамо» Махачкала и «Лада» Тольятти не прошли лицензирование и были исключены из числа участников первого дивизиона ПФЛ. Их место заняли, занявшие в своих зонах во втором дивизионе в сезоне 2006 года, команды «Металлург-Кузбасс» Новокузнецк, «Мордовия» Саранск и СКА Ростов-на-Дону.
Команда «Спартак-Алания» Владикавказ переименована в «Алания» Владикавказ.
После первого круга соревнований клуб «Спартак-МЖК» Рязань снялся с турнира, во всех остальных матчах ему были засчитаны поражения со счётом 0:3.