Исток у деревни Кстинкино Сандовского района, в 5 км к северу от посёлка
Сандово. Протекает по территории Сандовского района в южном, юго-западном и западном направлении в т. ч. по западной окраине Сандово. Ратыня впадает в Мологу в двух километрах к западу от деревни Тюхтово.
Небольшие деревни, расположенные по берегам реки: Глебани, Куниково, Песочная, Желонки, Шерепово, Удали, Детково, Овсище, Глебенки, Заречье (нежилая), Старая Выставка, Павское, Новая Выставка, Ратыня (нежилая). Левые притоки - р. Орудовка (устье недалеко от пос. Сандово), р. Быковка (устье в километре к западу от дер.
Сушигорицы), р. Малина (устье чуть ниже дер. Удали), правый приток - р. Саванка (устье чуть выше дер. Старая Выставка).