К моменту его вступления на трон в
1233 г.
Португалия была вовлечена в сложный дипломатический конфликт с римско-католической церковью.
Афонсу II, его отец, был отлучен от церкви Папой
Гонорием III за попытки снизить её влияние в стране. Между Саншу II и Папой было подписано соглашение из 10 пунктов, но король в последствии мало уделял внимание его исполнению. Его приоритетом была
реконкиста, отвоевание юга Пиренейского полуострова у
мавров. Начиная с
1236 г., Саншу II захватил несколько городов в
Алгарве и
Алентежу, укрепляя Португальские позиции в регионе.