Протяжённость острова в длинну около 48 км (с севера на юг), ширина около 32 км (с запада на восток). Остров находится на 2 км севернее экватора. Ближайший город на континенте — Порт-Джентил в
Габоне (в 240 км на востоке).
Остров вулканического происхождения. Горы занимают 2/3 территории. Высшая точка — гора Пико-де-Сан-Томе (2024 м). В кратерах - небольшие озёра. Берега круты и скалисты. Крупные реки — Агуа-Гранде и Ио-Гранде. Реки быстрые и порожистые. Население обеспечено пресной питьевой водой.