Родился 9 января по старому стилю в местечке
Евлах на западе нынешнего
Азербайджана. По отцу его родословная уходит в русское духовенство, мать же происходила из старинного и знатного
армянского рода Сапаровых. Флоренский очень рано обнаружил исключительные математические способности и по окончании гимназии в
Тифлисе поступил на математическое отделение
Московского университета. Воспитывался вне религиозной традиции, но в юности под влиянием статей
Льва Толстого почувствовал интерес к христианству. В студенческие годы увлёкся учением
Владимира Соловьёва. По окончании университета он не принял предложения остаться при университете для занятий в области математики, а поступил в
Московскую духовную академию. В эти годы он вместе с Эрном, Свенцицким и Брихничевым создал «Союз христианской борьбы», стремившийся к радикальному обновлению общественного строя в духе идей Владимира Соловьёва о «христианской общественности». Позже Флоренский совершенно отошёл от радикального христианства.