Город возник на мысе Мокрен или Рас-эль-Хартум (Кончик слоновьего хобота). Отсюда название города (al-Khartûm — хобот слонапо-арабски).
Датой основания города считается 1823. Хартум был резиденицией хукумдара (египетского генерал-губернатора), имевшего власть над пятью провинциями Судана. В 1862 году в Хартуме проживало 45 000 жителей.