В хроматографической колонке происходит разделение исходной многокомпонентной смеси на ряд бинарных смесей, состоящих из газа-носителя (для
газовой хроматографии) и одного из анализируемых компонентов. Разделение происходит за счет образования временных связей между анализируемыми веществами и стенками колонки, а также благодаря малому диаметру канала, в результате чего инертные и простые по структуре молекулы проходят по колонке быстрее, чем сложные активные соединения. Точнее значения постоянной времени каждого элемента устанавливаются при
калибровке. Колонка характеризуется материалом, внутренним диаметром и длиной. Чем меньше диаметр и больше длина, тем более точные измерения возможно производить с помощью хроматографа, однако тем выше опасность выхода колонки из строя ("отравления") в результате попадания в нее недопустимых веществ (слишком крупные или слишком активные молекулы, забивающие канал колонки), не устранённых при
пробоподготовке.