В составе имеет дивизию надводных кораблей, несколько бригад кораблей и ракетных катеров, а также Новороссийскую ВМБ, ВВС флота, береговые войска, соединения и части обеспечения.
С июля 2007 года командующим Черноморским флотом является вице-адмирал Александр Клецков.