Энрике был самым младшим братом короля
Жуана III и поэтому считалось, что его шансы на престол ничтожны. Поэтому Энрике выбрал духовную карьеру, в том числе для того, чтобы отстаивать интересы Португалии в
Католической Церкви, где доминировала
Испания. Он быстро стал
архиепископом
Брага (
1538 год), архиепископом
Эвора (
1545 год) и Великим Инквизитором (
1539 год) перед перед тем, как получить кардинальскую шляпу (
1545 год). В 1564 году Энрике стал архиепископом
Лиссабона и
примасом Португалии. Энрике попытался привлечь
иезуитов в Португалию и активно использовал их в колониальной политике.