Притоки Яузы: правые —
Чермянка,
Лихоборка,
Каменка, Горячка, Копытовка, Путяевский ручей, Олений ручей, Рыбинка,
Чечёра, Черногрязка; левые —
Ичка, Будайка,
Хапиловка, Синичка, Золотой Рожок.
Яуза проходима для небольших
судов от устья до Преображенской площади (около 10 км).По Генеральному плану
1935 года Яуза должна была войти в Водное кольцо Москвы. План предусматривал строительство Северного канала (Химкинское водохранилище-Яуза) и нескольких гидроузлов, в том числе на Яузе. Однако этот план не был реализован за исключением постройки в
1940 году в 3 км от устья реки Сыромятнического гидроузла с судоходным
шлюзом. В 2005—2006 годах на гидроузле был проведён капитальный ремонт. Был отремонтирован шлюз и заменён затвор водосливной плотины. Нижний
бьеф гидроузла находится в зоне подпора Перервинского гидроузла на Москва-реке со средней глубиной в Яузе 1,5 м. Верхний «судоходный» бьеф до Глебовского моста находится в плохом состоянии. Русло Яузы заполнено наносами и различным
мусором. Ранее, когда Яуза использовалась как городская снеговалка, на реке регулярно проводились дноуглубительные работы.