Происхождение вторичноротых неясно. Возможно они произошли от радиальных (
кишечнополостных) животных независимо от
первичноротых. По другим гипотезам, предками вторичноротых были представители одного из примитивных типов первичноротых, объединяемых в группу низших червей. Последние данные молекулярных исследований говорят в пользу первой теории.