Конгрегационалисты отрицали необходимость не только
вселенской, но и
общенациональной церкви, поскольку подобные организации подразумевают затратную бюрократию. Вышедши само из
пуританства, индепендентство отринуло церковную организацию
пресвитерианских синодов, которое индепенденты считали одним из видов
деспотизма, стоящим в одном ряду с деспотизмом папистов и англикан.