Если родство этих семей когда-либо окажется доказанным, то оно окажется существенно более далёким, чем это можно предполагать для нигеро-конголезских языков. Так, согласно одной из гипотез (Грегерсен 1972), нигеро-кордофанские языки включаются в нило-сахарскую гиперсемью (называемую тогда нигеро-сахарской) наряду с другими (макро)семьями. Однако большинство лингвистов с осторожностью относятся к таким предположениям, поскольку родство самих нило-сахарских языков очень далеко от доказанности.