אגודה מדעית היא ארגון שמטרתו לקדם דיסציפלינהאקדמית או קבוצת דיסציפלינות. החברות באגודה עשויה להיות פתוחה לכל, פתוחה לבעלי הכשרה מסוימת או מוענקת ככבוד לנבחרים, כפי שמתקיים באגודות המדעיות הוותיקות ביותר, ביניהן Polish Sodalitas Litterarum Vistulana (מילולית: האגודה הפולנית הספרותית של הויסלה) שנוסדה ב-1488, Accademia dei Lincei (האקדמיה הלינסאנית) האיטלקית שנוסדה ב-1603, האקדמיה הצרפתית שנוסדה ב-1635, האקדמיה הגרמנית לאופולדינה (Leopoldina) שנוסדה ב-1652 והחברה המלכותית הבריטית שנוסדה ב-1660.
רוב האגודות המדעיות הן מוסד ללא כוונת רווח. פעילותן כוללת הפקת כנסים מדעיים לשם הצגה ודיון בתוצאות מחקרים חדשים והוצאה לאור או מתן חסות לכתבי עת מדעיים בתחום התמחותן. חלקן משמשות גם כאגודה מקצועית, המסדירה את פעילויות חבריה בהתאם לאינטרס הציבורי או לאינטרס המשותף של חברי האגודה.