אגמי הבקע הסורי-אפריקני (אנגליתRift Valley lakes) הוא שם קיבוצי למספר קבוצות של אגמים שנוצרו לכל אורכו של הבקע הסורי-אפריקני והכוללים חלק מהאגמים העתיקים, העמוקים והגדולים בעולם. ייתכן שגם ים סוף היה אגם מים מתוקים בתור השלישון, כאשר מצרבאב אל מנדב נסגר וניתק אותו מהאוקיינוס ההודי, דבר שעשה אותו לגדול מבין אגמי הבקע הסורי-אפריקני באותה עת.