איי סן חואן (באנגלית: San Juan) הם קבוצת איים השייכת למדינת וושינגטון בארצות הברית. קבוצת האיים מהווה חלק מארכיפלג סן חואן שממוקם ליד האי ונקובר ומורכב מלמעלה מ-450 איים. מלבד איי סן חואן, כולל הארכיפלג גם את איי המפרץ השייכים לקנדה. כיום, רק כשישית מהאיים מיושבים, ושירות מעבורת מגיע רק לששת האיים המרכזיים.
באמצע המאה ה-19 היוו האיים סלע מחלוקת בין ארצות הברית לבריטניה. המתיחות בין שתי המדינות בקשר לשליטה על האיים כמעט שהתפתחה למלחמה בשנת 1859. תקרית זו, שהתחוללה בעקבות הרג של חזיר השייך לאזרח אירי על ידי חוואי אמריקני, מכונה מלחמת החזיר.