הבדיקה יעילה בעיקר לדימות מערכת העצבים המרכזית - המוח וחוט השדרה, וכן המפרקים, דוגמת הברך והכתף. בתמונת MRI רואים רק רקמות רכות: לא רואים עצמות אלא רק את מח העצם. דוגמאות לשימושים שכיחים: איתור גידולים במוח, אבחון של טרשת נפוצה, הערכת מצב מניסקוסים בברכיים ודימות פריצת דיסק בעמוד השדרה. יתרון נוסף של ה-MRI הוא היכולת לראות ממצא (כגון גידול) מזוויות מבט שונות - חיצי (חלוקה לשמאל ימין), חזיתי (קדמי-אחורי), אופקי (עליון-תחתון) או בשחזור תלת-ממדי.
בתחילה נקראה השיטה דימות תהודה מגנטית גרעינית (NMRI). קהילת הרופאים חששה שהציבור הרחב יקשר שלא בצדק בין המילה "גרעינית" לבין פצצה גרעינית, רדיואקטיביות וכדומה, ולכן הוחלט להשמיט את המילה מהשם ומראשי התיבות. ממציאי המכשיר הם פול לוטרבר ופיטר מנספילד. בשנת 2003 הוענק להם פרס נובל לפיזיולוגיה או לרפואה על המצאת ה-MRI, עקב חשיבותו ככלי אבחוני. למרות המיתוס, בדיקה זו לעולם לא תוכל "לתלוש" עצמים מתכתיים מן הגוף , אך עם זאת היא גורמת לעצמים אלו לבעיות רבות. רסיס מתכת גם לא יתלש.