תוצאות הבחירות היו תלויות ב-25 האלקטורים במדינת
פלורידה, כיוון שפער הקולות שם גרם לספירה חוזרת. תהליכים משפטיים גרמו לעוד ספירות חוזרות, ובית המשפט העליון נאלץ להתערב. ב-12 בדצמבר הורה בית המשפט לעצור את הספירה החוזרת והכריע כי הקולות ממדינת פלורידה ילכו לבוש, מה שהפך אותו למנצח בבחירות. הייתה זאת הפעם הרביעית בהיסטוריה האמריקאית שבה המועמד המנצח לא זכה ביותר קולות מן המפסיד (לאחר בחירות 1824, 1876 ו-1888). נושא הספירה החוזרת עדיין מעורר מחלוקת בקרב חוקרים, ויש הטוענים כי עדיין לא ידוע מי באמת ניצח בפלורידה.