בפועל, הביא המהפך העז שעבר על הארץ לתוהו ובוהו, הקצנה ומהומות
אלימות, במקביל לדיכוי הולך ומחריף מצד הממשל החדש. אלה הגיעו לשיא עם עלייתו של מקסימיליאן רובספייר, שהנהיג את שלטון הטרור. במהלך המהפכה הוצאו להורג רבבות בני אדם. ראשיהם של אלפים מתוכם נערפו בגיליוטינה, שהפכה לסמל הטרור. בין המומתים נמנו פשוטי עם, בני אצולה, כמרים, לואי השישה-עשר והמלכה מארי אנטואנט, ובהמשך גם רוב מנהיגי המהפכה, כולל דנטון ולבסוף גם רובספייר עצמו. שינוי השלטון לווה בשורה של מרידות פנימיות, שנתמכו בחלקן מבחוץ, ובסדרה של מלחמות עם רוב האומות האירופאיות. מאבקים אלה הביאו למותם של מאות אלפים. שלטון הטרור בא לקצו עם הדחתו והוצאתו להורג של רובספייר בקיץ 1794, והכח ניתן בידי דירקטורט מתון ושמרני למדי. משבר כלכלי, התמוטטות הסדר הציבורי ושורה של מפלות צבאיות הביאו לאובדן סמכותו. ב-1799 תפס המצביא נפוליאון בונפרטה את רסן השלטון בהפיכת 18 בברימר והביא למעשה לקצה של המהפכה. הוא ביטל את הרפובליקה רשמית ב-1804 והכתיר את עצמו לקיסר צרפת.