המושג בא לעולם בתקופה שבה מרבית המדינות הקימו חברות תעופה שבהן שלטו ואותן הפעילו, והלכה למעשה נחשבו חברות אלה שהיו חברות דגל גם כ"חברות לאומיות". חלק ניכר מחברות אלה
הופרט במהלך השנים והפיקוח הממשלתי על ענף התעופה האזרחית פחת, דבר שהביא להקמת חברות תעופה שלא נשלטו בידי המדינה, אף כי הן נחשבו לחברות דגל של אותה מדינה, בין בהקשר הצר ובין בזה הרחב, וחשיבותו של המושג "חברה לאומית" פחתה.