בראש המשטרה הצבאית עומד קצין חיל המשטרה הצבאית הראשי (הַקַמצָ"ר) ב
דרגת תת-אלוף. הקמצ"ר הנוכחי (ה- 20) הוא תת אלוף גולן מימון. לצידו פועלת מפקדת החיל (מקמצ"ר) המרוכזת כיום ברובה במחנה דורי (מחנה תל השומר). החיל בולט, בין היתר, בשיתוף נשים בכלל התפקידים והיה הראשון ששיתף נשים בפעילות מבצעית.