תפקידיה של יחידת יהל"ם כוללים ביצוע משימות הנדסה מיוחדות, ביצוע הריסות מדויקות, פיצוץ מבנים,
חבלה בתשתיות האויב, טיפול בחומרי נפץ, הכנת מטענים ופצצות, נטרול מטעני חבלה של האויב, סילוק פצצות, פינוי שדות מוקשים, הנדסה ופריצה בים וביבשה, לוחמת מנהרות, איתור והשמדה של סליקים ומנהרות הברחה ותופת. היחידה מפתחת אמצעים ושיטות בתחום ההנדסה ומכשירה לוחמים ביחידה, בחיל ההנדסה ובצה"ל בתחומים הרלוונטיים.